Mortal Kombat II, também conhecido como MK II, é o segundo título da série Mortal Kombat e os eventos ocorridos neste jogo são retratados em MK Shaolin Monks, mas ambos enredos não são os mesmos.
Em relação aos MK e MK II, mantiveram o mesmo sistema de jogabilidade, porém, alguns personagens ganharam novos golpes, e ganharam também mais um golpe de Fatality. Assim como seu antecessor, cada personagem possuía características próprias, movimentos especiais e finalizações. As lutas eram dividas em até 3 rounds, e ao jogador que vencesse o segundo round, teria a possibilidade de executar os golpes de Fatality. Os personagens na segunda série tiveram um acabamento melhor. Isso se deve ao fato que, além da digitalização das imagens, foram acrescentadas melhorias feitas a mão, desenhando-se sobre as imagens.
A história de MK II, após a luta contra Liu Kang, jurando lealdade a Shao Kahn, Shang Tsung teve sua vida poupada. Ele disse ao Imperador que o torneio deveria ocorrer em Outworld, tendo Kahn a vantagem de lutar em seu reino e impedindo as regras impostas pelos deuses Anciãos. Tomado pela ganância da conquista, Shao Kahn aceitou o plano e devolveu a juventude a Tsung.
Sendo assim, o feiticeiro deu início ao Mortal Kombat II, enviando uma mensagem a Raiden e aos guerreiros da Terra para que lutassem em Outworld na desculpa de que, caso ganhassem, Outworld desistiria para sempre da Terra. Na verdade, esse torneio era uma mera distração para o Imperador, pois Shao Kahn já tramava invadir a Terra em busca de Sindel.
Dessa vez, a Terra contava com o campeão Liu Kang, o monge Kung Lao, o astro Johnny Cage, o major das Forças Especiais dos EUA, Jackson “Jax” Briggs e deus do trovão Raiden. Enquanto isso, Kahn preparava suas hordes comandas pelo guerreiro tarkatan Baraka, seu assassino pessoal Reptile e suas filhas “gêmeas”, Kitana e Mileena, além de Shang Tsung e Kintaro, humanóide de quatro braços confiado a proteger o trono de Outworld.
Enquanto isso, Scorpion e Sub-Zero entram no torneio à fim de vingança entre seus clãs. Os então Hanzo Hazashi e o irmão de Bi-Han, Sub-Zero, se enfrentariam com ódio diante das intenções do Imperador. Mas, este torneio guardava muitos segredos: a verdadeira história de Kitana e Mileena, a protetora Jade e o ninja Smoke, um espião dos Lin Kuei infiltrado no Mortal Kombat.